Das Ipatjew-Haus wurde in den späten 1880er Jahren auf dem Gelände der ehemaligen Datscha des berühmten russischen Historikers und Geografen Wassili Tatischtschew erbaut.
Im Jahr 1908 kaufte es der Bergbauingenieur Nikolai Ipatjew. Zehn Jahren später, schon nach der Revolution, wurde es von der bolschewistischen Regierung beschlagnahmt. Nach der Vertreibung der neuen Behörden aus Jekaterinburg kehrte das Haus für kurze Zeit zu seinem Besitzer zurück, der Sowjetrussland jedoch bald für immer verließ.
Nach Ipatjews Ausreise haben die örtlichen Behörden das Haus im April 1918 wieder beschlagnahmt und einen hohen Zaun um das Gebäude errichtet. Die Familie des Zaren Nikolai II., die sich zu dieser Zeit im Exil in Jekaterinburg befand, wurde am 30. April in das Haus gebracht. 78 Tage lang hat man die Romanows dort festgehalten, bevor sie in der Nacht vom 16. auf den 17. Juli 1918 erschossen wurden.
Pjotr Jermakow in der Porosenkow-Schlucht bei Jekaterinburg, wo die Leichen der Zarenfamilie und ihre Diener verscharrt wurden. Laut dem Wärter Alexander Strekotin hat Jermakow noch die sterbenden Familienmitglieder mit einem Bajonett fertig gemacht.
Seit Ende Juli 1918 befand sich Jekaterinburg unter Kontrolle der Weißen Armee und der Ermittler Nikolai Sokolow konnte auf Befehl von Admiral Alexander Koltschak die Ermordung der Zarenfamilie und den Tatort untersuchen. Bis zu seinem Tod im Jahr 1924 widmete er viele Jahre der Sammlung von Dokumenten und Beweismaterial über den Mord an den Romanows.
Zu verschiedenen Zeiten beherbergte das Ipatjew-Haus Institutionen wie das Antireligiöse Museum, den Rat der Atheisten, das Rektorat der Ural-Sibirischen Kommunistischen Universität und ein regionales Parteiarchiv. Während des Großen Vaterländischen Krieges wurden dort Exponate aus dem Eremitage-Museum aufbewahrt.
Das Haus wurde im Auftrag des Politbüros im Jahr 1977 abgerissen, weil der Ort schon immer zu viel Interesse bei Bewohnern und Besuchern geweckt hatte.
Der Abriss wurde am 16. September 1977 unter Kontrolle der sowjetischen Sicherheitsdienste heimlich durchgeführt. Das Haus war eingezäunt, kein Journalist oder Fotograf durfte sich in der Nähe aufhalten.
Das Zimmer im Erdgeschoss des Hauses, wo die Zarenfamilie ermordet wurde.
Im Jahr 2003 wurde anstelle des abgerissenen Ipatjew-Hauses die Kathedrale auf dem Blut, eine der größten orthodoxen Kirchen Russlands, errichtet.