Das robuste Wasserflugzeug mit seinen muldenförmig gebogenen Flügeln war unter den rauen Bedingungen der Arktis ebenso zu Hause wie in den ruhigeren Gewässern des Schwarzen Meeres. Kein Wunder also, dass zu Sowjetzeiten Denkmäler für die Be-6 sowohl auf der Krim als auch in der Nähe von Murmansk zu finden waren.
Das kurz nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs 1949 eingeführte Flugboot war für eine Reihe unterschiedlicher Aufgaben konzipiert: Seeaufklärung, Patrouillenflug, Bombardierung, Verminung, Transport von Nachschub, Landung von Truppen und Teilnahme an Rettungseinsätzen.
Das Arbeitspferd der sowjetischen Marine war über 20 Jahre lang im Einsatz. In dieser Zeit waren insgesamt 123 Be-6-Flugzeuge im Dienst.
Das Flugboot wurde ein bedeutender Teilnehmer des Kalten Krieges. Be-6-Flugzeuge führten Aufklärungsflüge im Japanischen Meer durch, wo sie von amerikanischen Kampfjets gejagt wurden, die sie einholten und eskortierten. In der NATO wurde das sowjetische Flugzeug „Madge“ (dt.: Elster) genannt.
Während der Atomtests auf der Inselgruppe Nówaja Semljá im Arktischen Ozean in den 1950er Jahren führten die Be-6 Aufklärungsflüge durch, um fremde Kriegsschiffe in der Nähe aufzuspüren. Andere Besatzungen hatten die Aufgabe, den radioaktiven Abfall zu untersuchen, indem sie in bestimmten Abständen durch die radioaktive Wolke flogen. Die Flugzeuge waren in keiner Weise auf diese Art von Missionen vorbereitet, das einzige, womit sie ausgerüstet waren, waren die Messgeräte.
In den späten 1950er Jahren löste der IL-28R-Jet die Be-6 als Langstrecken-Seeaufklärer ab. Letztere wurde hauptsächlich als Such- und Rettungsflugzeug (Be-6SS) und als U-Boot-Abwehrflugzeug (Be-6PLO) eingesetzt. Sie war der Wegbereiter für die U-Boot-Bekämpfung als eigenständige Truppengattung innerhalb der UdSSR-Marine und legte den Grundstein für die Taktik ihrer Anwendung.
Ende der 1960er Jahre ging die Be-6 in der Sowjetunion in den wohlverdienten Ruhestand. In China, dem Moskau einst 20 Flugzeuge überließ, wurden sie jedoch noch bis 1998 eingesetzt.