Der russische Zar wählte für den Bau der Stadt das Delta der Newa. Dieser Fluss verbindet den Ladogasee, den zweitgrößten See Russlands, mit der Ostsee. Zwischen dem 8. und 13. Jahrhundert war die Newa ein Wasserweg „von den Warägern zu den Griechen“ – von Skandinavien nach Byzanz.
Das finnische Wort Newa bedeutet Sumpf, und so war die Assoziation mit der Stadt an der Newa wahrscheinlich die Stadt im Sumpf.
Dennoch war das Gebiet schon immer bewohnt – und es ist unwahrscheinlich, dass sich Menschen buchstäblich mitten in einem Sumpf niedergelassen haben. Zuerst war es von Finno-Ugriern bewohnt, dann von Ostslawen. Später besaßen die Russen und die Schweden dieses Land. Der Wechsel der Besitzverhältnisse endete während des Großen Nordischen Krieges (1700-1721), als Peter 1703 das Gebiet der künftigen Stadt endgültig besetzte. Vor St. Petersburg lagen die schwedische Stadt Nyen und ihre Hauptfestung Nyenschanz an der Mündung der Ochta in die Newa.
Nach der Eroberung von Nyenschanz überließ Peter den Ochta-Ländern Siedlungsgebiete zum Bauen. Und er errichtete an einem strategisch günstigen Ort auf der Haseninsel seine eigene Festung: die Peter-und-Paul-Festung. Sie befindet sich an der breitesten Stelle der Newa-Mündung, und von der Festung aus konnte er die Fahrrinnen der beiden größten Flussarme kontrollieren.
Die Ufer der Nebenarme der Newa waren in der Tat sumpfig und mit Schilf und Seggen bewachsen. Die Dämme wurden beim Bau erhöht, mit Pfählen und Stützen verstärkt und mit Granit verkleidet. Die Ufer der Newa wurden gerodet und begradigt.
Sumpfige Gebiete gab es auch auf den St. Petersburger Inseln: auf der Wassiljewskij- und der Krestowskij-Insel sowie auf dem Gelände des Sommergartens und in der Nähe des Newski-Prospekts. Um das Gebiet zu entwässern, wurden Kanäle gegraben und kleine Flüsse und Bäche zugeschüttet. Eine der trockensten Stellen war übrigens der heutige Wosstanija-Platz: Unweit davon wuchs ein dichter Wald.
Weit mehr Probleme als Sümpfe bereiteten der Hauptstadt die Überschwemmungen. Die Stadt befindet sich in der Prinewskaja-Senke. Die zentralen Bezirke von St. Petersburg liegen nur ein bis fünf Meter über dem Meeresspiegel. Der Westwind aus dem Finnischen Meerbusen lässt das Wasser der Newa jedes Jahr ansteigen. Die verheerendsten Überschwemmungen ereigneten sich 1824 (das Wasser stieg auf 421 cm) und 1924 (auf 380 cm). Das Problem wurde erst im 21. Jahrhundert gelöst, als 2011 ein Komplex von elf Dämmen mit einer Gesamtlänge von 23,4 km in Betrieb genommen wurde. An ihm wurde mehr als 30 Jahre lang gebaut.